全基因组de novo 测序分析

简介：

全基因组de novo测序又叫从头测序，是指而对某个物种进行测序，然后在不依赖于任何已知的基因组序列信息的情况下利用生物信息学分析手段对序列进行拼接、组装，最终得到该物种的基因组序列和相关注释信息。随着基因组研究的迅速发展，全基因组测序已逐步成为生物学基础研究的重要手段之一。全基因组 de novo测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱，同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础。根据基因组的复杂程度，基因组可分为简单基因组和复杂基因组。简单基因组主要指重复序列比例低于50%的单倍体或者高纯合的二倍体；复杂基因组主要指重复序列高于50%，杂合度大于0.5%的二倍体或多倍体基因组。

技术流程：

分析内容详解：

基因组序列是进行物种分子生物学研究的基础，通过全基因组de novo测序，可得到物种全基因组序列及基因注释信息，达到破译物种遗传信息的目的，对于后续研究物种起源、进化及特定环境适应性及比较基因组学研究都有很重要的意义。

基因组分析内容大致可分为如下几块内容：

1.   物种相关信息的搜集：测序之前，需要首先搜集物种的相关信息，如基因组大小、杂合度等。一般物种的基因组大小可以从http:://www.genomesize.com/ 的数据库中查到，如没有收录，则需要通过实验方法估计基因组大小。目前常用的方法包括流式细胞仪法、荧光光度计法、定量PCR、核型电泳、溶解曲线法及Kmer分析估计法。基因杂合的情况广泛存在于具有重要经济或科研价值的物种中，如大部分林木、水产类和昆虫等。这类基因组拼接比较困难，导致基因组图谱绘制方案成本高、周期长。

2.   基因组拼装统计。提供基因组拼装的基本信息，包含原始数据统计、测序覆盖率统计、Contig N50大小、Scaffold N50大小、基因组GC含量等信息。

3.   基因组注释。包括基因预测、基因功能注释（同NR、Swiss-Prot、Interproscan等数据库进行同源比对）、重复序列分析及non-coding RNA注释等。

4.   基因功能分析。GO分类、KEGG通路分析等。

5.   比较基因组学及进化分析。通过比较相近物种的基因组数据，丛基因功能、基因组结构、分子进化等方面对目标基因组进行分析。

服务流程：

样品寄送  ⇒  建库测序  ⇒  数据分析 ⇒   出具报告  ⇒  售后答疑

样品要求：

三代测序DNA样品要求：样品浓度≥80ng/uL；总量≥15ug；OD260/280 = 1.8~2.0；样本无RNA污染，条带清晰，无降解

二代测序DNA样品要求：样品浓度≥40ng/uL；总量≥3ug；OD260/280 = 1.8~2.0；样本无RNA污染，条带清晰，无降解或者轻微讲解

生物样品：样品新鲜采集、快速超低温冷冻、干冰寄送。详细步骤根据样品特点和检测目的在采集和送样前咨询相关工作人员。

合作客户：

到目前为止，de novo基因组学组学已经开展了全国范围内的客户服务。技术服务涉及的科研院所多达几十家，遍布全国十几个省市自治区，如清华大学、山东大学、协和医科大学、海南大学、内蒙古大学、中国科学院药用植物研究所、中科院微生物研究所、中科院生物物理研究所、中科院植物研究所等。